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Thèse dirigée par : Guillaume Lecointre & Cédric Crémière.

Jury :
Giulio Barsanti (Professeur de l'Université de Florence), Rapporteur
Armand de Ricqlès (Professeur émérite au Collège de France), Rapporteur
Jean Gayon (Professeur à Paris I, IHPST)
Sara Franceschelli (Maître de conférences à l'ENS de Lyon)
Alice Michel-Salzat (Chargée de recherches au CNRS)
René Zaraguetta-Bagils (Maître de conférences à Paris VI)
Cédric Crémière (conservateur en chef du  Muséum du Havre), co-directeur de thèse
Guillaume Lecointre (Professeur au MNHN), co-directeur de thèse

Résumé :
En Histoire des Sciences, on a pour habitude de former des « groupes » de penseurs : évolutionnistes, lamarckiens, darwiniens ou téléologiens. Mais ces catégories, amplement décrites, ne sont ni formalisées, ni transparentes
Il en était de même, dans le domaine de la systématique (science de la classification du vivant) avant les années 1960 : les groupes taxonomiques n?étaient pas non-plus formalisés. Mais l'apparition de méthodes comparatistes rigoureuses ont permis, en codant les ressemblances anatomiques, de fabriquer des classes emboîtées.
Ces méthodes sont ici réutilisées pour coder les ressemblances entre les arbres élaborés par différents auteurs en Histoire Naturelle. Nous comparons ainsi 234 arbres, produits entre 1555 et 2012. Cela produit un arbre des arbres : une représentation hiérarchique des partages d'idées partagées entre les auteurs. Il permet de retrouver formellement des catégories déjà connues, de découvrir des catégories nouvelles, et même de s?apercevoir que certaines catégories ne sont pas homogènes. Mais il permet également d'étudier les circulations des idées entre les auteurs et d'étudier les éventuelles controverses historiques.

Title : History of the Metaphor of the Tree in Natural Sciences
    Abstract :
In History of Science, we usually form "groups" of thinkers: Evolutionists, Lamarckians, Darwinians or Teleogians. But, although these categories are fully described, they are neither formalized nor transparent.
Before the 1960's, it was the same in the field of Systematics (the science of classification of life): taxonomic groups were not formalized. But the rise of rigorous comparative methods allowed taxonomists to create nested groups by coding the anatomical similarities.
Those methods are here reused. With it, we encode the similarities among the trees developed by different Natural History authors. Then, we compare 234 trees drawn between 1555 and 2012. This produces a "tree of trees": a hierarchical representation of the sharing of ideas among authors. This tree allows us to formally find categories already known, to discover new categories, and even see that some categories are not homogeneous. But it also allows us to study the circulation of ideas among authors and to investigate historical controversies.